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| タイトル | 発売日 | 価格 | 番号 | メーカー | 備考 |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ １「永遠への旅立ち」 | 2002.09.19 | ￥19,800 | AVBA-14470〜3 | エイベックス・トラックス | 1〜16話収録（4枚組） 完全限定生産品 封入特典：母の形見のペンダント、イラストボード |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ ２「真紅の女海賊」 | 2002.11.20 | ￥24,800 | AVBA-14521〜5 | エイベックス・トラックス | 17〜36話収録（5枚組） 完全限定生産品 999車両側面マークピンバッチ、イラストボード |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ ３「ワルキューレの魔女」 | 2003.01.22 | ￥24,800 | AVBA-14544〜8 | エイベックス・トラックス | 37〜55話収録（5枚組） 完全限定生産品 封入特典：999車両正面のプレートピンバッチ |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ ４「９９９の反乱」 | 2003.03.19 | ￥24,800 | AVBA-14565〜9 | エイベックス・トラックス | 56〜74話収録（5枚組） 完全限定生産品 封入特典：車掌の帽子のマークピンバッチ |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ ５「時間城の海賊」 | 2003.05.21 | ￥24,800 | AVBA-14711〜5 | エイベックス・トラックス | 75〜93話収録（5枚組） 完全限定生産品 封入特典：ドクターバンのペンダント、イラストボード |
| 銀河鉄道９９９ ＣＯＭＰＬＥＴＥ ＤＶＤ−ＢＯＸ ６「無限への旅立ち」 | 2003.07 | ￥24,800 | エイベックス・トラックス | 94〜113話収録（5枚組） 完全限定生産品 封入特典：特典映像ＤＩＳＣ、イラストボード |
| タイトル | 発売日 | 価格 | 番号 | メーカー | 備考 |
| 「銀河鉄道９９９ エターナルファンタジーメイキングDVD」 | 1999.03.01 | ￥5,300 | DSTD-02032 | 東映ビデオ | ３作品収録（４枚組） 東映ビデオより |
| 「銀河鉄道９９９ DVD-BOX the MOVIE」 | 2001.07.21 | ￥20,000 | DSTD-02032 | 東映ビデオ | ３作品収録（４枚組） 東映ビデオより |
| 「銀河鉄道９９９」 | 2002.10.21 | ￥4,500 | DSTD-02050 | 東映ビデオ | 予約締切2002年8月12日 映像特典：劇場予告編、BGM |
| 「さよなら銀河鉄道９９９−アンドロメダ終着駅−」 | 2002.10.21 | ￥4,500 | DSTD-02051 | 東映ビデオ | 予約締切2002年8月12日 映像特典：劇場予告編、BGM |
| 「さよなら銀河鉄道９９９ エターナルファンタジー」 | 2002.10.21 | ￥4,500 | DSTD-02052 | 東映ビデオ | 予約締切2002年8月12日 映像特典：劇場予告編、BGM |
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